Bal süzülüp dinlendirildikten sonra uygun ortamda depolanmalıdır. Bu durum balın kalitesini standartlığını koruyabilmesi için çok önemli bir işlemdir. Depolama işlemi uygulanırken dikkat edilmesi gereken, kaliteyi önemli ölçüde etkileyen etmenler mekânın ısısı, nemlilik oranı, ambalajda kullanılan malzemenin sağlık için uygunluğu ve balın depoda bekleme süresidir.
Isı verilen ya da bekletme işlemi uzun tutulan balların rengi koyulaşabilmektedir. Eğer deponun ısısı 11°C’ den aşağıda olursa fermantasyonu gerçekleştirecek maya da etkinliğini yitirir. Bal için uygun olmayan bu durumların ortaya çıkmaması için bal uygun derecedeki depolarda muhafaza edilmeli ve balın nemden etkilenmemesi için kapların tamamen hava almayacak şekilde bulunması gerekir. Saklama koşulları tamamen kurallara uygun şekilde uygulandığında balda renk değişimi, fermantasyon, nem gibi olumsuz etkiler önlenmiş olur.
Balı saklamak için kullanılabilecek en sağlıklı malzeme cam kavanozlardır. Bal bulundurduğu asit sebebiyle plastik malzemelerin içerisinde saklanması sağlıksız bir durum ortaya çıkaracaktır. Bal ambalajlandığından itibaren oda sıcaklığında muhafaza edilirse baldaki gerekli enzimler ve önemli şekerler kaybolmamış olur.